UKKI Unesa berdiri sejak tahun 1988 dengan Surat Keputusan Rektor pada tanggal 22 Januari 1988 No : 0444a/PR/33H/KEP U/U/1988.alnya, kegiatan UKKI berlangsung di Ketintang saja, karena memang pada saat itu kampus Unesa hanya ada di Ketintang. Namun seiring dengan berkembangnya Unesa yang dulu bernama IKIP Surabaya menjadi Universitas Negeri Surabaya atau yang lebih akrab dengan akronim Unesa, diikuti pula dengan reformasi di dalam kabinet UKKI pada akhir 1990-an dan UKKI Unesa memiliki cabang baru di Lidah Wetan.
Seiring perjalanan UKKI untuk lebih berkembang, Struktur Kepengurusan UKKI mulai mengadakan pembaruan. Puncaknya pada Muktamar UKKI, pada Desember 2004, yang disertai dengan pembentukan pengurus inti untuk wilayah Ketintang, Lidah Wetan, dan Teratai. Dimana masing-masing wilayah memiliki Struktur Kepengurusan Sendiri dengan komando di bawah seorang Koordinator Wilayah. Dari tiga wilayah ini, selanjutnya bertanggungjawab kepada Pengurus Inti yang dipimpin seorang Ketua Umum. Masing-masing wilayah mempunyai kewenangan untuk mengatur program kerjanya sesuai dengan potensi yang dimiliki.
Departemen I (Pendidikan)
Tidak berlebihan jika Dep. Pendidikan disebut sebagai IKIP-nya UKKI. Karena program-program yang dijalankan dapat melatih anggotanya berkecimpungdalam dunia pendidikan. Di samping materi-materi keislaman yang langsung didapat melalui majelis-majelis ta’lim. Departemen ini juga memiliki kegiatan unggulan yang menyedot perhatian semua mahasisiwa muslim dan muslimah se-Unesa, yaitu TQQ (Ta’limu Qiro’atil Qur’an). Ditambah lagi acara MTQ-M yang menyalurkan mahasiswa berprestasi dan selanjutnya dikirim ke tingkat nasional.
Departemen II (Pembinaan)
UKKI menjadi salah satu wadah kreatifitas bagi mahasiswa-mahasiswi muslimin-muslimah dalam berdakwah di masyarakat kampus dan peningkatan kualitas anggota melalui pembinaan-pembinaan untuk pembentukan kepribadian yang unggul. Maka dari itu, departemen inilah yang lebih mendekati visi dan misi Unesa.untuk mencetak pribadi-pribadi yang unggul harus melalui pembinaan yang bermutu. Program pembinaaan itu diantaranya Halaqoh, Mentoring, LKMD serta pembinaan lainnya.
